В ёмкость с эндотрахеальным аспиратом добавить реагент для предобработки слизистого биологического материала (например, реагент для предобработки слизистого материала «МУКОЛИЗИН» (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия) или аналогичный) в соотношении 1:5 (1 часть эндотрахеального аспирата к 5 частям реагента), ориентируясь по градуировке ёмкости. В процессе разжижения эндотрахеального аспирата (20–30 мин) ёмкость необходимо периодически встряхивать при помощи шейкера (например, «Термошейкер PST-60HL-4» (SIA «Biosan», Латвия) или аналогичный). Затем 1,0 мл разжиженного эндотрахеального аспирата перенести в пробирку объёмом 1,5 мл, используя наконечник с фильтром, и центрифугировать 10 мин при 5 000–7 000 g (например, 8 000–10 000 об/мин для лабораторной микроцентрифуги «MiniSpin» («Eppendorf Manufacturing Corporation», Германия) или аналогичной). Удалить супернатант, используя наконечник без фильтра и отсасыватель медицинский, оставив 100–200 мкл надосадочной жидкости и осадок. Полученную пробу после тщательного перемешивания на вортексе (например, центрифуге/вортексе Мульти-Спин модель «MSC-3000» (SIA «Biosan», Латвия) или аналогичном) и осаждения капель со стенок пробирки и внутренней части крышки центрифугированием в течение 3–5 с использовать для экстракции НК.
Допускается экстракция НК из 100 мкл разжиженного эндотрахеального аспирата без стадии центрифугирования.