Тканевой (биопсийный, операционный, аутопсийный) материал, нативные образцы, взятие материала для ПЦР. ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора

Расходные материалы и реагенты

Контейнер пластиковый для взятия, хранения и транспортировки биологических образцов для анализа объёмом 30; 60 мл (стерильный, в индивидуальной упаковке)

Например, ООО «Комбитек Пластик», Россия или аналогичный

Одноразовые полипропиленовые завинчивающиеся конические свободностоящие пробирки объёмом 2,0 мл с крышкой

Например, «Sarstedt», Германия или аналогичные с транспортной средой:

Транспортная среда (например, «Транспортная среда с муколитиком (ТСМ)» (ФБУН ЦНИИ Эпидемиологии Роспотребнадзора, Россия, РУ № ФСР 2009/05514) или аналогичная;
0,9% раствор натрия хлорида стерильный (стерильный физиологический раствор);
ЭДТА

Взятие

Биологический материал отобрать наиболее близко к месту поражения: из зоны предполагаемого местонахождения возбудителя инфекции, поврежденной ткани или пограничного с повреждением участка. 3–5 образцов диаметром более 5 мм перенести в контейнер, менее 5 мм — в пробирку с 0,5 мл транспортной среды или пробирку с 6% ЭДТА. Контейнер или пробирку плотно закрыть.

Хранение

Предварительная обработка

Тканевой материал (размер образца в диаметре менее 5 мм), помещённый в пробирки объёмом 1,5–2 мл с 0,5 мл
«Транспортная среда с муколитиком (ТСМ)»

Предварительная обработка не требуется. Перед проведением процедуры экстракции НК содержимое пробирки тщательно перемешать на вортексе (например, центрифуге/вортексе Мульти-Спин модель «MSC-3000» (SIA «Biosan», Латвия)) и осадить капли материала со стенок пробирки и внутренней части крышки центрифугированием (1 500–3 000 об/мин в течение 5 с). Другие манипуляции по подготовке образца не требуются, если иное не предусмотрено инструкцией по применению к набору реагентов.

Тканевой материал (размер образца в диаметре 5–10 мм)

Поместить образец в охлаждённую фарфоровую ступку, при необходимости измельчить с помощью ножниц и скальпеля. Добавить 0,5–1,0 мл охлаждённого 0,9% раствора натрия хлорида стерильного (стерильный физиологический раствор) или фосфатно-солевого буферного раствора, или «Транспортная среда с муколитиком (ТСМ)». Гомогенизировать, тщательно растирая фарфоровым пестиком для получения однородной суспензии. 100 мкл полученной суспензии перенести в пробирки объёмом 1,5 мл, используя наконечник с фильтром, для последующей экстракции НК.

Тканевой материал (размер образца в диаметре более 10 мм)

30–50 мг (мкл) тканевого материала гомогенизировать растиранием с использованием предварительно охлаждённых стерильных фарфоровых ступок и пестиков. При использовании гомогенизатора лабораторного (например, «TissueLyser LT» (QIAGEN GmbH», Германия) или аналогичный) фрагменты ткани перенести в пробирки объёмом 2,0 мл (например, одноразовые полипропиленовые завинчивающиеся конические свободностоящие пробирки объёмом 2,0 мл с крышкой (например, «Sarstedt», Германия или аналогичные) с 1–2 шариками из нержавеющей стали для гомогенизатора (например, «TissueLyser 3 мм» («QIAGEN GmbH», Германия) или аналогичные). Из растёртой ткани приготовить 10% суспензию на охлаждённом 0,9% растворе натрия хлорида стерильном (стерильный физиологический раствор) или фосфатно-солевом буферном растворе. Для этого к 1 объёму растёртого тканевого материала добавить 9 объёмов 0,9% раствора натрия хлорида стерильного или фосфатно-солевого буферного раствора. 50–100 мкл полученной суспензии перенести в пробирки объёмом 1,5 мл, используя наконечник с фильтром, для последующей экстракции НК.

Условия хранения и транспортировки предварительно обработанных проб

При температуре от –24 до –16 °С — до 3 мес;
при температуре не выше –68 °С — длительно.

Допускается однократное замораживание–оттаивание материала.

Выявляемые патогены

Биологический материал используется для выявления нуклеиновых кислот следующих микроорганизмов

Тканевой (биопсийный, операционный, аутопсийный) материал, нативные образцы

Вирусы
Dengue virus	●
Hepatitis A virus	●
Hepatitis B virus	●
Hepatitis C virus	●
Hepatitis D virus	●
Hepatitis E virus	●
Hepatitis G virus	●
Human adenovirus spp.	●
Human alphaherpesvirus 1	●
Human alphaherpesvirus 2	●
Human alphaherpesvirus 3	●
Human betaherpesvirus 5	●
Human betaherpesvirus 6 A/B	●
Human bocavirus	●
Human coronaviruses	●
Human enterovirus spp.	●
Human gammaherpesvirus 4	●
Human gammaherpesvirus 8	●
Human metapneumovirus	●
Human parechovirus	●
Human orthopneumovirus	●
Human papillomavirus	●
Human parainfluenza viruses	●
Human rhinoviruses	●
Influenza A virus	●
Influenza A virus (H5N1)	●
Influenza B virus	●
MERS-CoV	●
Primate erythroparvovirus 1	●
SARS-CoV	●
SARS-CoV-2	●
Tick-borne encephalitis virus	●
West Nile virus	●
Zaire ebolavirus	●
Zika virus	●

Бактерии
Anaplasma phagocytophilum	●
Bacillus anthracis	●
Bartonella spp.	●
Borrelia burgdorferi sensu lato	●
Borrelia miyamotoi	●
Borrelia spp.	●
Chlamydophila pneumoniae	●
Coxiella burnetii	●
Ehrlichia chaffeensis	●
Ehrlichia muris	●
Haemophilus influenzae	●
Helicobacter pylori	●
Legionella pneumophila	●
Leptospira spp.	●
Listeria monocytogenes	●
Mycobacterium tuberculosis complex	●
Mycoplasma pneumoniae	●
Rickettsia conorii	●
Rickettsia spp.	●
Streptococcus pneumoniae	●
Streptococcus pyogenes	●
Vibrio cholerae	●
Yersinia enterocolitica	●
Yersinia pestis	●
Yersinia pseudotuberculosis	●

Грибы
Cryptococcus neoformans	●
Pneumocystis jirovecii	●

Простейшие
Toxoplasma gondii	●